菌种鉴定机构菌种是用于发酵过程作为活细胞催化剂的微生物，包括细菌、放线菌、酵母菌和霉菌四大类。 菌种的常规鉴定内容有形态特征和理化特性。形态特征包括显微形态和培养特征；理化特性包括营养类型、碳氮源利用能力、各代谢反应、酶反应和血清学反映等。
检测标准
| 项目名称 | 检测项目 | 检测依据 |
| 微生物分析鉴定 | 食品：曲霉属、青霉属、镰刀菌属、木霉属、头孢霉属、单端孢霉属、葡萄状穗霉属、交链孢霉属、节菱孢属 | GB/T4789.16-2003食品卫生微生物学检验常见产毒霉菌的鉴定 《真菌鉴定手册》 《常见与常见真菌》 |
其他：污染霉菌分析、制作菌种镜检标本、菌种鉴定、测试瓶（硫酸盐还原菌、铁细菌、腐生菌、细菌测试瓶） |
菌种鉴定机构菌种鉴定一般采用的方法
菌种鉴定的方法一般有常规鉴定和分子生物学方法：
(1)常规鉴定：菌落形态观察、革兰氏染色、菌毛染色、糖类分解实验、吲哚实验、淀粉水解实验、V-P实验、甲基红实验、柠檬酸盐利用实验、硝酸盐还原实验、接触酶实验等
(2)分子生物学方法：细菌16SrDNA菌种鉴定：提取DNA，特定引物PCR扩增，PCR产物纯化测序，进化树分析；真菌18S rDNA/ITS菌种鉴定流程也是一样的。
菌种鉴定基本步骤
在实验室中，主要是根据所用的鉴定仪器特点、感染性疾病的类型、标本种类、采集部位等因素建立具体的微生物学检验程序。大致步骤如下。
1．获得被鉴定菌种的纯培养菌落。
2．确定染色（革兰染色、抗酸染色）、形态和排列，按科、属、种依次鉴定下去。
3．运用知识、经验、最小数量的试验方法做出鉴定。
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